Die griechische Präsenz am Schwarzen Meer geht zurück bis in die Zeit der Antike. Die Forschung belegt die ersten Aktivitäten freier Händler und Abenteurer in der Zeit um 1000 v. Chr. Diese waren dort hauptsächlich auf der Suche nach Gold und Erzen. Die überlieferte Argonautensage über die Reise Iasons und der 50 Helden nach Kolchis, die Reise des Herakles auf dem Schwarzen Meer, die in der Odyssee beschriebenen Abenteuer des Odysseus im Lande der Kimmerier, die Bestrafung des Prometheus durch Zeus am Kaukasus und andere griechische Mythen mit Bezug auf diese Region belegen die Existenz antiker Handelsrouten.
Im 8. Jahrhundert v. Chr. begannen sich griechische Handelsposten an der pontischen Küste zu permanenten Siedlungen zu entwickeln. Die Stadt Milet gründete mit Sinope die erste griechische Kolonie am Schwarzen Meer.
Auf Grund seines Hafens und des guten Zugangs zum Hinterland entwickelte Sinope sich rasch zu einem bedeutenden Handelszentrum. In der Folge wurden entlang der pontischen Südküste nach ähnlichem Muster zahlreiche Städte gegründet, die sich im Laufe der Jahrhunderte zu bevölkerungsreichen Zentren für Seehandel und Kultur entwickelten. So brachte der Pontus Persönlichkeiten wie Herakleides Pontikos oder Diogenes von Sinope hervor.
Archäologische Funde und zahlreiche schriftliche Quellen der Antike und Postantike dokumentieren die wirtschaftliche Aktivität der pontischen Städte, ihr Verhältnis zu den Mutterstädten und ihre Beziehungen untereinander wie auch zu den indigenen Völkern.
Die politische und kulturelle Dominanz der griechischen Städte am Pontus wird vor allem durch die Betrachtung der weiteren Entwicklung der indigenen Völker der Region offenbar, die im Laufe der Jahrhunderte zu großen Teilen griechische Kultur und griechisches Denken annahmen. In seiner Anabasis beschreibt Xenophon seine Erlebnisse im „Zug der Zehntausend“ – dem strapazen- und verlustreichen Rückzug griechischer Söldner nach der Schlacht bei Kunaxa – durch das ganze Perserreich hindurch bis zum Erreichen der griechischen Städte des Schwarzen Meeres, wie beispielsweise Herakleia Pontike, „Ἡράκλειαν πόλιν Ἑλληνίδα Μεγαρέων ἄποικον“, einer griechischen Stadt von Kolonisten aus Megara. Xenophon liefert hierin ausführliche Berichte über Land und Leute, Sitten und Gebräuche.
In der Zeit Alexanders des Großen und seiner Nachfolger war die wirtschaftliche Macht der griechischen Städte auf ihrem Höhepunkt. Die Auswirkung der hellenistischen Kultur auf die eingeborenen Völker war enorm und hatte sie grundlegend in ihrer sozialen und kulturellen Entwicklung beeinflusst. Im 1. Jahrhundert v. Chr. erhob der pontische König Mithridates Eupator die griechische Sprache zur offiziellen Amtssprache seines Reiches und somit zur offiziellen allgemeinen Verkehrssprache der zahlreichen – und dadurch vielsprachigen – indigenen Völker Kleinasiens, was deren Hellenisierung spätestens jetzt nach sich zog.
Die Eroberung Konstantinopels durch die Franken, wie die römisch-katholischen Westeuropäer in Erinnerung an das Fränkische Reich im Osten genannt wurden, im Vierten Kreuzzug führte zur Errichtung des Lateinischen Kaiserreiches, das feudal in kleine fränkische Staaten sich zergliederte. Es entstanden aber in den Gebieten des Byzantinischen Reiches, die die Eroberer nicht besetzen konnten, auch kleinere griechische Staaten, deren Herrscher alsbald den Kaisertitel für sich beanspruchten. So kam es, dass Alexios Komnenos aus der Dynastie der Komnenen gemeinsam mit seinem Bruder David (beide waren vor der Eroberung der Hauptstadt geflohen) das Kaiserreich Trapezunt gründete. Dadurch wurde das bis dahin eher unbedeutende Trapezunt (das heutige Trabzon) Hauptstadt eines Staates, der durch geschickte Diplomatie und durch Anlehnung an regionale Mächte, wie Georgien oder das Mongolische Reich und seine Nachfolgestaaten, seine Unabhängigkeit bis zum Ausgang des Mittelalters behaupten konnte und durch Fernhandelsverbindungen zu Reichtum gelangte.
Die Eroberung Konstantinopels durch die Osmanen im Jahre 1453 und der Fall von Trapezunt acht Jahre später (1461) bildete für die pontischen Griechen eine Zäsur in ihrer Geschichte. Viele – insbesondere wohlhabende Einwohner der reichen Küstenstädte und der Dörfer – flohen in die umliegenden Gebirgsregionen des Pontus, in dem Versuch, fernab der Aufmerksamkeit der neuen Herrscher in neu gegründeten und freien griechischen Dörfern und Städten zu leben. Ein großer Teil wanderte in das Russische Reich bzw. in dessen südliche Küstengebiete nach Georgien, Armenien und Kasachstan aus, wo sie neue griechische Gemeinden gründeten. So entstanden kulturelle Zentren, die auch in den Folgejahrzehnten vom nunmehr osmanischen Pontus geflohene Griechen aufnahmen.
Zu den bedeutenden pontischen Griechen des Mittelalters zählt der Humanist und Kardinal Bessarion.
Nach dem Fall von Konstantinopel 1453, als der Sultan virtuell den byzantinischen Kaiser ersetzte, wurde unter den nunmehr untergeordneten und unterdrückten Christen das Ökumenische Patriarchat von Konstantinopel vom Sultan als der religiöse und nationale Führer der Griechen und der anderen Ethnien, die ins griechisch-orthodoxe Millet eingeschlossen wurden, anerkannt. Das Patriarchat hatte die höchste Wichtigkeit und nahm die Schlüsselrolle unter den Christen des Osmanischen Reiches ein, da die Osmanen rechtlich nicht zwischen Nationalität und Religion unterschieden und daher alle orthodoxen Christen des Reiches als eine Einheit betrachteten.
Die Position des Patriarchats im osmanischen Staat förderte die Projekte der Griechischen Wiedergeburt, fokussiert auf die Wiederauferstehung und Wiederbelebung des Byzantinischen Reiches. Der Patriarch und die kirchlichen Würdenträger um ihn bildeten das erste Machtzentrum für Griechen im osmanischen Staat, obwohl ihre Strukturen durch den osmanischen Staat infiltriert wurden, während sie selbst den byzantinischen Adel anzogen.
Ab dem 19. Jahrhundert wanderten weite Teile der Population insbesondere nach Russland und die Kaukasusregion ab. Umgekehrt ließen sich muslimische Tataren und Tscherkessen, deren Heimatgebiete unter russische Herrschaft geraten waren, im Osmanischen Reich nieder. In seinem 1845 herausgegebenen Werk Fragmente aus dem Orient erwähnt Jakob Philipp Fallmerayer christliche Pontosgriechen, denen er auf seinen Reisen im Osmanischen Reich begegnet war. Sie seien griechischsprachig und dienten der Schutzpatronin ihres Tales, der Panagia Sumela. Fallmerayer bezeichnet sie als „byzantinische Griechen“ und ihr Griechisch als „Matschuka-Griechisch“ (nach dem Ort Maçka, griech. Ματσούκα). Nach dem Aufstand der Griechen im Jahre 1821 gegen das Osmanische Reich aber insbesondere nach Anerkennung der Unabhängigkeit von Griechenland nach der Londoner Konferenz von 1832, hatte sich die Stimmung gegenüber der griechischen Bevölkerung im Osmanischen Reich weitgehend verschlechtert. Nationalistische Gedanken fanden immer mehr Anhänger auch unter der türkischen Bevölkerung im Vielvölkerstaat der Osmanen. Ein Miteinander wurde mit der Zeit und dem Zerfall des Reiches immer schwieriger.
Die drei großen europäischen Mächte, Großbritannien, Frankreich und Russland (bekannt als Großmächte), waren mit der Behandlung der christlichen Minderheiten durch das osmanische Reich nicht einverstanden und setzten die osmanische Regierung (auch bekannt als Hohe Pforte) zunehmend unter Druck, um gleiche Rechte auf alle ihre Bürger auszuweiten. Beginnend im Jahr 1839 führte die osmanische Regierung im Zuge des Osmanismus die Tanzimat-Reformen ein, um die Situation der Minderheiten zu verbessern, obwohl diese sich als größtenteils ineffektiv herausstellten. 1856 versprach das Edikt Hatt-ı Hümâyûn Gleichheit für alle osmanischen Bürger ungeachtet ihrer Ethnizität oder Konfession, und erweiterte den Rahmen des Ediktes Hatt-ı Şerif 1839 vom Gülhane-Park. Die reformistische Periode führte zur Verfassung, dem Kanûn-ı Esâsî (Osmanische Verfassung), geschrieben von Mitgliedern der Jungosmanen, und bekanntgemacht am 23. November 1876. Es etablierte Glaubensfreiheit und Gleichheit aller Bürger vor dem Gesetz - was aber kaum umgesetzt wurde.
Am 24. Juli 1908 gab es für Griechen mehr Hoffnung als Sultan Abdülhamid II. (1876–1909) abgesetzt wurde und die Verfassung, die er Jahre vorher außer Kraft gesetzt hatte, wieder Gültigkeit erlangte. Das Komitee für Einheit und Fortschritt (gemeinhin als Jungtürken bezeichnet), eine politische Partei in Opposition zur absoluten Herrschaft des Sultans Abdülhamid II., hatte eine Rebellion gegen ihren Herrscher eingeleitet. Schließlich setzten die Pro-Reform-Jungtürken den Sultan ab und ersetzten ihn durch Sultan Mehmed V (1908–1918).
Vor dem Ersten Weltkrieg gab es geschätzt 1,8 Millionen Griechen, die im Osmanischen Reich lebten. Einige prominente osmanische Griechen dienten als osmanische Parlamentsabgeordnete. Im Parlament von 1908 gab es sechsunszwanzig osmanisch-griechische Abgeordnete, aber ihre Zahl sank bis 1914 auf acht.
Während des Ersten Weltkrieges und dem Griechisch-Türkischen Krieg zwischen 1914 und 1923 wurden Griechen in Thrakien und Kleinasien Opfer von einer Vernichtungskampagne, darunter Massaker wie beim Brand von Smyrna und interne Vertreibungen mit Todesmärschen. Die Internationale Vereinigung von Völkermordforschern (IAGS) erkennt diese als Völkermord an und bezeichnet die Kampagnen als „Völkermord an den Pontosgriechen“.
Im Osmanischen Reich wurde den Griechen als Christen im Einklang mit dem islamischen Dhimmi-System in ihren Freiheiten (wie die Freiheit der Glaubensausübung) begrenzt, und die Griechen als Menschen zweiter Klasse behandelt. Christen und Juden wurden nicht als den Muslimen ebenbürtig betrachtet: Zeugenaussagen gegen Muslime durch Christen und Juden waren vor Gerichten unzulässig. Ihnen wurde es verboten, Waffen zu besitzen oder auf Pferden zu reiten, ihre Häuser durften nicht jene der Muslime überragen, und ihre Religionspraktiken durften nur so unauffällig wie möglich ausgeübt werden, zusätzlich zu mehreren anderen gesetzlichen Beschränkungen. Verstöße gegen diese Statuten konnten in harten Bestrafungen enden, rangierend von Eintreibung von Strafzahlungen bis hin zu Hinrichtungen.
Der griechische Ökumenische Patriarch wurde als die höchste religiöse und politische Autorität (Millet-baschi oder Ethnarch) aller orthodoxen christlichen Subjekte des Sultans anerkannt, obwohl in bestimmten Perioden einige Regionalmächte, wie Russland (unter dem Vertrag von Küçük Kaynarca 1774), oder Großbritannien das Recht auf Schutz über die orthodoxen Subjekte des Osmanischen Reiches beanspruchten.
Die Griechen waren eine selbstbewusste Gruppe innerhalb der größeren christlich-orthodoxen Gemeinschaft, die durch das Osmanische Reich errichtet wurde. Sie unterschieden sich selbst von ihren orthodoxen Glaubensbrüdern, indem sie ihre griechische Kultur, Bräuche, Sprache sowie Bildungstraditionen aufrechterhielten. Über die gesamte postbyzantinische und osmanische Periode hin bezeichneten sich Griechen, als Mitglieder des Ökumenischen Patriarchats von Konstantinopel, als Graikoi (griechisch Γραικοί, „Griechen“) und Romaioi oder Romioi (griechisch Ρωμαίοι/Ρωμηιοί, „Rhomäer“, türkisch Rum). Sie spielten eine wichtige Rolle in der Wirtschaft und stiegen im Staatsdienst auf. Als Diplomaten bildeten sie eine Verbindung nach Europa. In jeder größeren osmanischen Stadt gab es griechische Gemeinden.